El motivo principal de esta discrepancia reside en lo siguiente

Vamos a suponer que vendes un producto y quieres promocionar su venta por medio de una red de afiliación. Las Redes contabilizarán todas las ventas que procedan desde uno de los banners que estén utilizando tus afiliados. Pero no sólo contabilizarán las ventas directas desde este banner, si no también las ventas que procedan desde este banner durante unos 30 días (lo que suele durar la cookie). Es decir, si un usuario clicka hoy en el banner, consulta tu página, pero compra al cabo de 15 días, la Red de afiliación contabilizará esa venta como suya. En cambio, tu estadístico asignará la venta a la fuente más cercana al click de la venta. Es decir, si este usuario que ha comprado 15 días después del click ha efectuado esa compra desde un click de Adwords, el estadístico asignará la venta a Adwords y no a la Red de afiliados. ¿Y si complico un poco más las estadísticas? La Red de afiliados se ha asignado esa venta pero Adwords también, por lo que si sumas las ventas de Afiliados más las de Adwords, incurrirás en que un porcentaje de las mismas estarán duplicadas.